同式典は午前9時すぎから開始し、事故発生時刻の午前9時18分になると参列者らが黙とうを捧げた。ＪＲ西日本の山崎正夫社長は「申し訳ございませんということ以外に私には言葉が見つかりません」と話し、「安全な鉄道をつくりあげていくことこそ、皆様のご無念に報いる道」と話した。
　「献奏」では、菅井貴之さん（関大・4年）が、同学年で軽音楽サークルで一緒だった女子学生（関大・当時2年）に捧げた自作の曲「魔法の笑顔」を歌った。「菅井ちゃんなら、絶対プロになれるって」彼女は菅井さんを心から励ましてくれたという。「頑張れ若造」彼女がよく言っていた言葉だ。「俺は（彼女が言うように）頑張っている若造になれているのかな。これから、もっと頑張るで」（菅井さん）。大森早織さん（同志社女大・当時特別専修生）の同級生らも、「千の風になって」をオーケストラの伴奏で合唱。その後、参列者らによる献花が行なわれた。